Họ này hiện tại được chấp nhận như là dòng dõi cơ sở nhất trong thực vật hạt kín. Điều này có nghĩa là Amborellaceae phát sinh sớm nhất so với mọi dòng dõi khác trong thực vật có hoa. So sánh các đặc trưng phái sinh mà mọi loài thực vật hạt kín khác chia sẻ với nhau, nhưng không với họ Amborellaceae, có thể dưa ra kết luận về những đặc trưng nào mà thực vật có hoa thời kỳ đầu có và việc chúng đã biến đổi như thế nào theo thời gian. Một trong số các ý tưởng đầu thế kỷ 20 về thực vật hạt kín "nguyên thủy", hay ít phái sinh được chấp nhận cho tới gần đây là mô hình dựa trên hoa của các loài mộc lan (Magnolia spp.) với nhiều bộ phận sắp xếp thành các xoắn ốc trên đế hoa thuôn dài thay vì một lượng nhỏ các bộ phận trong các vòng xoắn phân biệt của các hoa phái sinh muộn hơn. Tuy nhiên, các nghiên cứu hóa thạch được bảo tồn tốt của một loài được cho là thực vật hạt kín thủy sinh, Archaefructus, đã đưa ra những câu hỏi về việc đặc trưng nào có tính tổ tiên hơn.

Trong nghiên cứu để làm rõ các mối quan hệ giữa các thực vật mô hình được lập trình tự tốt và được nghiên cứu kỹ, như Arabidopsis thaliana, và các thực vật hạt kín cơ sở như Amborella, Nuphar của họ Nymphaeaceae, Illicium, thực vật một lá mầm và các thực vật hạt kín phát sinh muộn khác, như thực vật hai lá mầm thật sự, các nhà khoa học đã kiểm tra các bộ gen lạp lục và các thẻ trình tự thể hiện của các sinh vật này và các thực vật có hạt khác để tạo ra biểu đồ này. Lưu ý rằng, trong hình này, thực vật hạt kín là tất cả thực vật không có nhãn "gymnosperms" (thực vật hạt trần). Nó giả định mối quan hệ của thực vật có hạt còn sinh tồn đặt Amborella như là đơn vị phân loại chị-em với tất cả các thực vật hạt kín khác, và thể hiện thực vật hạt trần như là nhóm đơn ngành có quan hệ chị em với thực vật hạt kín, hỗ trợ cho giả thuyết rằng Amborella rẽ nhánh sớm nhất trong số tất cả thực vật hạt kín còn sinh tồn. Đường gạch rời giữa Amborella và Nuphar có nghĩa là có một số sự không chắc chắn về mối quan hệ giữa chúng (Amborellaceae và Nymphaeaceae), và chúng có tạo thành một nhánh có quan hệ chị em với số thực vật hạt kín còn lại hay không, chứ không phải một mình Amborella là nhóm đơn ngành có quan hệ chị em với toàn bộ thực vật hạt kín.